美国FBI特工福克斯穆德（大卫杜楚尼  饰）幼年时经历了一桩离奇神秘的绑架案，其妹妹萨曼莎在睡梦中被外星人绑架，至今下落不明。从此穆德专注于神秘事件的研究，并具体负责FBI总部的X档案部门。由于穆德行为反常，难以管教，FBI高层从FBI学院调来女特工黛娜史卡利（吉莲安德森  饰），表面上协助穆德工作，实则希望这位崇尚科学的理性特工能约束穆德的贤惠行为。两人最初的合作并不理想，截然不同的思维模式总是导致争吵爆发。但随着各种离奇案件的出现，以及两人关系的加深，穆德和史考利最终成为了可以互相厮杀、生死相依的可靠伙伴……
本片荣获1996年至1999年美国作曲家、作家和出版商协会电影电视音乐奖电视剧组第一名，以及其他电影节近70个奖项。