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2285年，在与可汗的战斗中受损的联邦星舰进取号返回地球太空港进行维修。柯克还在为斯波克的死而悲痛。麦考伊医生表现出各种异常行为：比如未经允许闯入斯波克原来被封锁的船舱、胡言乱语等。最后，他被送往医院接受精神检查。斯科提被分配到联邦星舰埃森斯号上。星际舰队指挥部对刚刚组建的创世纪星发出了禁止进入的命令。柯克得知进取号即将退役。
斯波克的父亲萨瑞克找到了柯克，告诉他必须把斯波克的遗体送回瓦肯星，否则他的灵魂将不得安息。萨瑞克要求柯克返回创世纪星，取回斯波克的棺材并带回瓦肯星——而斯波克死前，他与麦考伊进行了心灵融合，于是他拥有了斯波克。精神抖擞的麦考伊也必须前往瓦肯星。
然而，星际舰队却不肯让过时的企业号离开太空港。出院后听到消息的麦考伊试图招募一艘飞船返回创世纪星。他在争吵中被捕，但这并没有影响整体计划：与柯克、斯科特、苏鲁、乌胡拉和契诃夫一伙……