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纽约市下水道里，四只小乌龟和一只小老鼠因接触含有放射性物质的凝胶而变异成巨型人形生物。冲动但热情的拉斐尔（乔什·帕斯  饰）、幽默的米开朗基罗（米歇尔·西斯蒂  饰）、冷静的多纳泰罗（雷夫·蒂尔登  饰）以及他们的首领达·芬奇（大卫·福尔曼  饰），这四只功夫高强、实力强大的忍者神龟肩负着铲除暴力、维护纽约市和平的神圣使命，他们英勇无比，所向披靡。在多次英勇行为之后，他们对城中一个神秘组织产生了怨恨。神秘组织展开了突袭，寡不敌众，忍者神龟们身受重伤。与此同时，他们的老师也被神秘组织抓获。