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第三季开始于第二独立军团抵达查尔斯顿七个月后。在此期间，查尔斯顿被定为“新美利坚合众国”的首都，汤姆·梅森被选为政治领袖（相当于总统）。但他的大部分时间不是花在办公室处理政府事务，也不是带领军队顽强抵抗外星侵略者的袭击。与前任曼彻斯特博士相比，汤姆对外星人的态度更为激进和主动。查尔斯顿政府与起义的“突击者”结成了不稳定的联盟。汤姆允许“突击者”叛军留在查尔斯顿与人类并肩作战，但这引起了人类的某些不满，两个种族之间的关系持续紧张。“突击者”叛军在战斗前总是将脸上涂上红色和黄色条纹，以纪念他们在第二季结尾英勇牺牲的领袖“红眼”。汤姆的儿子本现在是查尔斯顿政府和突击者之间的联络人。人类与“袭击者”都明白，即便他们联手，也难以战胜一个强大的敌人——之前被第二独立军团戏称为“鱼头”的外星种族埃斯菲尼……